Pour le titulaire d’un permis de construire en cours de validité, la délivrance d’un permis modificatif peut avoir, en pratique, plusieurs intérêts. 

Il peut s’agir de faire évoluer le projet avant sa réalisation, par exemple pour mieux l’adapter au marché, qui a pu lui-même évoluer depuis le permis initial, de prendre en compte les modifications apportées en cours de réalisation (cf. la technique dite du « permis balai » en fin d’opération), ou plus rarement, de supprimer spontanément quelques imperfections du permis initial qui sont exploitées au contentieux, dans le but d’éviter une annulation ou un allongement de la durée de l’instance si le juge décide de surseoir à statuer dans l’attente d’un permis de régularisation. Il faut rappeler qu’un permis modificatif peut faire l’objet de contestations, mais qu’un recours contre un tel permis ne peut pas être l’occasion de remettre en cause les dispositions non modifiées d’un permis initial devenu définitif. L’intérêt à agir des tiers est par ailleurs interprété strictement par les juridictions administratives. L’existence potentielle de troubles, qui doit fonder l’intérêt à agir, est mesurée exclusivement au regard des modifications, et de leur portée sur la situation du requérant, lorsque celui-ci n’a pas également attaqué le permis initial (Conseil d’Etat, 17 mars 2017, n°396632). De même, l’instruction d’une demande de permis modificatif ne doit pas être l’occasion pour l’administration de revenir sur le projet initialement autorisé, ce qui est un aspect important là où des nouvelles équipes municipales n’ont pas les mêmes vues que les précédentes. Même si le permis initial définitif a été illégalement délivré, les modifications peuvent et doivent être autorisées si elles sont étrangères à la règle qui a été méconnue à l’origine (Conseil d’Etat, 27 avril 1994, n°128478).

[…]

https://www.monego.fr/fr/platform_blog_posts/permisdeconstruiremodificatifs